อำเภอบ่อทองแยกออกมาจากอำเภอพนัสนิคม เมื่อวันที่ 16 ตุลาคม พ.ศ.2521 ตามประกาศกระทรวงมหาดไทย ลงวันที่ 13 กันยายน พ.ศ.2521 ประกอบด้วย ตำบลบ่อทอง ตำบลบ่อกวางทอง และตำบลวัดสุวรรณ เป็นกิ่งอำเภอบ่อทอง และได้รับการยกฐานะเป็นอำเภอบ่อทอง เมื่อวันที่ 10 มีนาคม พ.ศ.2528
"เมืองเกษตรกรรม ถ้ำเขางดงาม น้ำตกเขาใหญ่ ผลไม้รสดี มีแหล่งแร่ทอง นครของพญาเร่"
ประวัติศาสตร์ของอำเภอบ่อทองนั้น ว่ากันว่าเป็น "เมืองของพญาเร่" (หรือพญาเล่ห์) ที่ชาวอำเภอบ่อทอง เชื่อกันว่าเป็นเจ้าเมืองผู้มีคุณธรรมในอดีต ที่คอยปกป้องคุ้มครองพื้นที่แห่งนี้ พญาเร่จึงถือเป็นสิ่งศักดิ์สิทธ์คู่กับชาวบ่อทอง ที่ทุกคนให้ความเคารพสักการะ และเชื่อว่าพญาเร่จะช่วยให้ประสบความสำเร็จ แคล้วคลาดจากภยันตราย เมื่อขอสิ่งใดก็จะได้สมปรารถนา เมืองพญาเร่ เป็นเมืองสัญนิฐานว่า เคยเป็นเมืองที่มีความรุ่งเรืองในอดีต ครั้งยุคทวารวดี เมืองนี้ห่างจากเมืองพระรถ (บริเวณตำบลหน้าพระธาตุ อำเภอพนัสนิคม) ประมาณ 32 กิโลเมตร ร่องรอยของเมืองพญาเร่ ยังมีร่องรอยของผังเมืองปรากฏให้เห็นในปัจจุบัน (อยู่ห่างจากตลาดอมพนมไปประมาณ 6 กิโลเมตร) ผังเมืองเป็นวงรีสองชั้น ชั้นนอกเส้นผ่าศูนย์กลางประมาณ 1,100 เมตร ยังคงมีคูเมือง และคันดินให้เห็นอยู่ทางด้านเหนือ ส่วนเมืองชั้นในมีเส้นผ่าศูนย์กลางประมาณ 600 เมตร ยังคงมีกำแพงเมืองสูงประมาณ 1 เมตร หลงเหลือให้เห็นอยู่ ภายในเมืองพบเพียงเศษเครื่องปั้นดินเผาเล็กน้อย และไม่พบศาสนสถานใดๆ สัณนิฐานได้ว่า เมืองนี้อาจเป็นแค่เมืองบนเส้นทางติดต่อทางบก ระหว่างชลบุรีกับระยองในสมัยโบราณ
เดิมอำเภอบ่อทองเป็นส่วนหนึ่งของอำเภอพนัสนิคม แต่ได้แยกออกมาเป็นกิ่งอำเภอบ่อทอง เมื่อวันที่ 16 ตุลาคม พ.ศ. 2521 ต่อมาได้ยกระดับขึ้นเป็นอำเภอเมื่อวันที่ 10 มีนาคม พ.ศ. 2528 ชื่ออำเภอบ่อทอง หรือ "บ้านบ่อทอง" นั้น มาจากเมื่อพ.ศ. 2460 เคยขุดพบแร่ทองคำครั้งแรกในพื้นที่บริเวณนี้ โดยชาวกุหล่า (กลุ่มชาติพันธุ์ที่เป็นชนกลุ่มน้อยจากพม่า ที่อพยพมาตั้งถิ่นฐานทางภาคตะวันออก คนไทยเรียก "ไทยใหญ่" คนเขมรเรียก "กาลา") ดังนั้น แร่ทองจึงปรากฏอยู่ในคำขวัญ ของอำเภอบ่อทองที่ว่า "เมืองเกษตรกรรม ถ้ำเขางดงาม น้ำตกเขาใหญ่ ผลไม้รสดี มีแหล่งแร่ทอง นครของพญาเร่"

อำเภอบ่อทองตั้งอยู่ทางทิศตะวันออกของจังหวัด มีอาณาเขตติดต่อกับเขตการปกครองข้างเคียง ดังนี้
การบริหารส่วนท้องถิ่น ได้แก่
วัดเขาบ่อกวางทอง
ตั้งอยู่ที่ หมู่ 4 บ้านบ่อกวางทอง ตำบลบ่อกวางทอง อำเภอบ่อทอง อยู่ห่างจากแยกทางหลวง 331 ประมาณ 6 กิโลเมตร และเลี้ยวขวาตรงโรงเรียนบ้านหนองเกตุไปอีกประมาณ 3.7 กิโลเมตร บริเวณวัดมีสำนักวิปัสสนาธรรมไพศาล ซึ่งเป็นสำนักวิปัสสนาที่เก่าแก่และเป็นที่รู้จักกันดีของชาวบ่อทอง ที่โดดเด่นคือประดิษฐานพระพุทธไสยาสน์ธรรมไพศาล ขนาดยาว 29 วา 9 ศอก 8 นิ้ว สูง 8.3 วา อยู่กลางแจ้ง ด้านหน้าพระพุทธไสยาสน์มีรูปปั้นพระอรหันต์สาวก นั่งขัดสมาธิเรียงรายอยู่ นอกจากนี้บริเวณสำนักวิปัสสนาและบริเวณใกล้เคียง ยังมีพระพุทธรูปปางมารวิชัยขนาดใหญ่ตั้งอยู่สูงเด่นอีก 3 องค์ และรูปปั้นยักษ์อีก 1 ตน
-น้ำตกอ่างผักหนาม (น้ำตกเขาใหญ่)
ตั้งอยู่บริเวณบ้านเขาใหญ่ ตำบลพลวงทอง อยู่ในเขตความรับผิดชอบของเขตรักษาพันธ์ุสัตว์ป่าอ่างฤาไน หน่วยพิทักษ์ป่าเขาใหญ่ ห่างจากตลาดบ่อทองประมาณ 30 กิโลเมตร ด้านหน้ามีไปรษณีย์สีแดงใหญ่ตั้งให้เห็นมาแต่ไกล ก่อนทางขึ้นน้ำตกมีสำนักสงฆ์เขาผักหนาม หรือวัดมุตโตทัย น้ำตกอ่างผักหนามยังไม่ได้รับความนิยมมากนัก เพราะน้ำตกมีปริมาณน้ำค่อนข้างน้อย เนื่องจากบริเวณนี้ลักษณะภูมิประเทศที่มีเทือกเขาขวางกั้นความชื้นจากทะเล ทำให้สภาพอากาศโดยทั่วไปค่อนข้างแห้งแล้ง น้ำตกจะมีน้ำมากเฉพาะในช่วงฤดูฝนเท่านั้น พิกัดGPS (13.2633010,101.6420350)
น้ำตกมีเจ็ดชั้น แต่ไม่ได้แยกแต่ละชั้นให้เห็นชัดเจน ผู้ที่มาเที่ยวน้ำตกสามารถเดินชมศึกษาธรรมชาติได้ ยังมีทั้งผีเสื้อและแมลงปอหายากปรากฏให้เห็น
-วนอุทยานน้ำตกเขาเจ้าบ่อทอง (น้ำตกร่มไทรทอง)
ตั้งอยู่ที่หมู่ 2 ตำบลธาตุทอง อำเภอบ่อทอง จังหวัดชลบุรี ห่างจากตัวเมืองชลบุรีประมาณ 50 กิโลเมตร โดยใช้เส้นทางบ้านบึง-แกลง ถึงแยกหนองไผ่แก้ว เข้าเส้นทางหลวงหมายเลข 331 แล้วแยกเข้าถนนสายเนินโมกทับร้างจนถึงบ้านเนินดินแดง
วนอุทยานน้ำตกเขาเจ้าบ่อทองเป็นส่วนหนึ่งของป่าสงวนแห่งชาติคลองตะเคียน และป่าสงวนแห่งชาติป่าแดงและป่าชุมนุมกลาง ที่ครอบคลุมเนื้อที่ประมาณ 19,473 ไร่ กรมป่าไม้ได้ประกาศเป็นวนอุทยานเมื่อ 2 มีนาคม พ.ศ. 2540 มีเทือกเขาทอดยาวตามแนวเหนือใต้ สลับซับซ้อน ป่าบริเวณวนอุทยานส่วนใหญ่เป็นป่าเบญจพรรณและป่าดิบซื้นบ้าง น้ำตกมีลักษณะไหลผ่านลานหินจากหินผาสูงประมาณ 10 เมตร กว้างประมาณ 30 เมตร เป็นสถานที่ท่องเที่ยวที่ยังไม่เป็นที่รู้จักมากนัก มีนักท่องเที่ยวไม่มาก ส่วนใหญ่เป็นประชาชนในท้องถิ่นและบริเวณใกล้เคียง พิกัดGPS (13.2507662,101.3769604)
-กลุ่มถ้ำเขาชะอางค์ และถ้ำอื่นๆ
ตั้งอยู่ในเขตท้องที่อำเภอบ่อทอง ใช้เส้นทางหลวงหมายเลข 331 แล้วเลี้ยวเข้าคลองตาเพชร กลุ่มถ้ำเหล่านี้เกิดจากเทือกเขาหินปูนที่อยู่ในแนวรอยต่อ 4 จังหวัดได้แก่ ระยอง จันทบุรี ฉะเชิงเทรา และชลบุรี ซึ่งเป็นผืนป่าที่เป็นต้นน้ำสำคัญ กลุ่มถ้ำนี้อาจยังไม่เป็นที่นิยมมากนักสำหรับนักท่องเที่ยวโดยทั่วไป แต่ได้รับความนิยมและเป็นที่รู้จักสำหรับคนที่ชอบทำกิจกรรมร่วมกับธรรมชาติเช่นการปั่นจักรยาน หรือขับมอเตอร์ไซด์วิบาก เพราะเป็นเส้นทางที่ได้สัมผัสธรรมชาติที่อยู่ไม่ไกลจากตัวเมืองนัก กลุ่มถ้ำเขาชะอางค์มีถ้ำที่สำคัญอยู่ 3 ถ้ำ คือ
-ถ้ำเขาชะอางค์ทรงเครื่อง
ตั้งอยู่ที่หมู่ 7 บ้านบ่อทอง ห่างจากตัวอำเภอบ่อทอง(ตลาดอมพนม) ประมาณ 19 กิโลเมตร เป็นถ้ำขนาดใหญ่ มีหินงอกหินย้อยตามธรรมชาติสวยงาม ภายในถ้ำมีความชื้นและเป็นที่อาศัยของค้างคาวจำนวนมาก พิกัดGPS (13.1985893,101.5802493)
-ถ้ำเขาชะอางค์ห้ายอด
ตั้งอยู่ที่หมู่ 3 ตำบลบ่อทอง ห่างเลยจากจากถ้ำเขาชะอางค์ทรงเครื่องไปอีกประมาณ 7 กิโลเมตร มีวัดเขาห้ายอดอยู่ในบริเวณใกล้เคียง พิกัดGPS (13.1614295,101.5974745)
-ถ้ำเขาชะอางค์โอน
ตั้งอยู่ที่หมู่ 4 บ้านคลองกุ่ม ตำบลพลวงทอง อำเภอบ่อทอง ห่างเลยจากถ้ำเขาชะอางค์ทรงเครื่องออกไปอีก 12 กิโลเมตร (ห่างจากตัวอำเภอบ่อทองประมาณ 30 กิโลเมตร หรือห่างจากตัวเมืองชลบุรีประมาณ 87 กิโลเมตร) มีสำนักสงฆ์อยู่ในบริเวณใกล้เคียง ต่อมาได้รับอนุญาติให้ยกระดับจากสำนักสงฆ์เป็นวัดถ้ำเขาชะอางค์โอน พิกัดGPS (13.2091028,101.6515163)
-อ่างเก็บน้ำคลองกระแส
ตั้งอยู่ตำบลพลวงทอง อำเภอบ่อทอง ห่างเลยจากถ้ำเขาชะอางค์โอนออกไปอีก 9 กิโลเมตร (ห่างจากตัวอำเภอบ่อทองประมาณ 23 กิโลเมตร หรือห่างจากตัวเมืองชลบุรีประมาณ 80 กิโลเมตร) เป็นอ่างเก็บน้ำที่มีทัศนียภาพที่สวยงาม บริเวณโดยรอบมีบ้านพัก รีสอร์ต จุดกางเต้นท์ไว้บริการนักท่องเที่ยว พิกัดGPS (13.1932083,101.6015642)
เมื่อถึงช่วงเดือนพฤษภาคม-มิถุนายน ของทุกปี จะเป็นช่วงที่ผลไม้นานาชนิด ได้แก่ ทุเรียน มังคุด เงาะ ลองกอง ซึ่งอำเภอบ่อทองเป็นแหล่งของผลไม้ที่ขึ้นชื่อในจังหวัดชลบุรี ซึ่งเป็นที่ถูกใจแก่ผู้ที่มาเยี่ยมเยือน